在西瓜育苗床上，常常发现有些苗与众不同：大籽品种中有些特旺苗，茎叶粗壮，长势很旺。小籽品种中有些弱苗，茎叶细弱，长势很差。这些特殊苗散布在正常苗中间，比例一般为2%～5%。发生这种现象主要是由于杂交种子中存在着5%的自交籽造成的。由于目前生产上使用的西瓜品种基本上都是杂交一代，但杂交种子很难达到100%的杂交率，国家标准规定允许有2%～5%的自交籽。

　　自交籽发芽长成自交苗，自交苗移栽到大田结的是亲本瓜。亲本瓜没有杂交优势，其瓜个大小、品质、商品性、抗病性等性状与正常杂交瓜相比，存在着严重的劣势。然而杂交种子中的自交籽目前还无法鉴别，只有成苗后才能区别出来，所以必须在苗床上和定植前加以剔除。农户育苗移栽时留大去小已成习惯，小籽品种中的自交苗由于弱小可被剔除。但大籽品种中的特旺苗，常常按传统误认为是好苗而保留，因此定植时要注意剔除。